根据相关政策要求，个人所得税扣缴义务人可按照所扣缴的税款退付百分之二的手续费。单位上年度有代扣代征税款的，可在3月30日前完成上一年度的结报单确认工作。税务机关将以扣缴义务人确认的结报单作为退付手续费的依据，自动启动退税流程。
为支持疫情防控工作，2019年度代扣代缴手续费申报期限，由2020年3月30日延长至5月30日。
根据《财政部 税务总局 人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行〔2019〕11号）相关规定，如因单位或个人自身原因，未及时提交手续费申请的，视为自动放弃。
个人所得税代扣代缴手续费，
如何在自然人电子税务局(扣缴端)申请呢？
操作步骤如下：
1.线上申请入口
自然人电子税务局（扣缴端）（以下简称扣缴端），登录扣缴端。
2.登录进入扣缴端界面
“代扣代缴”子目录下进入【退付手续费核对】功能。
3.点击【获取结报单】
等待系统自动查询出退付手续费信息后核对所属期、数据是否准确。
4.信息查询结果有两个界面：【结报单】和【单户核对清册】
1）其中【结报单】界面是汇总界面。注意：申请年度为2019的手续费退费“结报期限”应为2019年1月1日—2019年12月31日
2）【单户核对清册】为结报单明细，可核对每期明细数据。
3）提醒：已结算过手续费的明细，不勾选。
5.核对无误后，点击“我已核对无误”按钮提交。
需要注意，系统所显示的结报期限是入库日期而非税款所属期。
点击“我已核对无误”后系统弹出“代扣代缴手续费退费申请”，选择“开户银行”、“银行账号”，“开户银行网点”自动带出。阅读声明后，点击“提交”。提示信息“确认成功”弹框，点击“确定”。
完成后系统将推送至税务机关审核，等待审核完成后，即可返还对应的手续费。
注意：若发现扣缴客户端的结报单数据有误的，也可到大厅核对并确认结报单；办理注销的单位请在注销前完成手续费退付办理。
