有些纳税人在经营过程中会被税务机关告知自己取得的发票被认定为异常凭证，那么异常凭证究竟是怎么回事？遇到之后应该如何处理呢？
有些纳税人在经营过程中会被税务机关告知自己取得的发票被认定为异常凭证，那么异常凭证究竟是怎么回事？遇到之后应该如何处理呢？
纳税人A:今天税务局通知说我们公司有增值税专用发票被认定为异常凭证了，我们需要做些什么？
答：请问您被认定为异常凭证的增值税专用发票是用作进项抵扣还是申报出口退税？
纳税人A：已经用来申报抵扣增值税进项税了。
答：增值税一般纳税人取得的增值税专用发票被列入异常凭证，已经申报抵扣增值税进项税额的，除另有规定外，一律作进项税额转出处理。贵公司需要在收到税务事项通知书的当期（税款所属期）作进项税额转出，于次月（季）申报期申报。
情形二
纳税人B：我们公司是外贸企业，有一份已经办理出口退税的增值税专用发票被认定为异常凭证了，要做些什么呢？
答：适用增值税免退税办法的纳税人取得异常凭证，已经办理出口退税的，税务机关会按照现行规定对列入异常凭证范围的增值税专用发票对应的已退税款追回。
情形三
纳税人C：我们公司刚获知有一些发票被认定为异常凭证，但我们的业务确保是真实可信的，相关资料也都有留存，请问有什么救济渠道吗？
答：纳税人对税务机关认定的异常凭证存有异议，可以向税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，纳税人可继续申报抵扣或者重新申报出口退税;符合消费税抵扣规定且已缴纳消费税税款的，纳税人可继续申报抵扣消费税税款。根据厦门市税务局目前的工作职责划分，用于申报抵扣增值税和抵扣消费税的异常凭证，向主管税务机关提出核实申请；外贸企业用于申报出口退税的异常凭证，向第三税务分局提出核实申请。
情形四
纳税人D：我们公司是纳税信用A级的纳税人，需要申请异常凭证的核实，请问有什么政策规定？
答：纳税信用A级纳税人取得异常凭证且已经申报抵扣增值税、办理出口退税或抵扣消费税的，可以自接到税务机关通知之日起10个工作日内，向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣、出口退税或消费税抵扣相关规定的，可不作进项税额转出、追回已退税款、冲减当期允许抵扣的消费税税款等处理。逾期未提出核实申请的，应于期满后按相关规定进行进项税额转出、追回已退税款、冲减当期允许抵扣的消费税税款等处理。
[小贴士：“异常凭证”的范围]
（一）走逃（失联）企业存续经营期间发生下列情形之一的，所对应属期开具的增值税专用发票。
1.商贸企业购进、销售货物名称严重背离的。
2.生产企业符合以下特征之一的：
（1）生产企业无实际生产加工能力且无委托加工；
（2）生产企业生产能耗与销售情况严重不符；
（3）生产企业购进货物并不能直接生产其销售的货物且无委托加工的。
3.直接走逃失踪不纳税申报的。
4.虽然申报但通过不实填列增值税纳税申报表相关栏次，规避税务机关审核比对，进行虚假申报的。
（二）纳税人丢失、被盗税控专用设备中未开具或已开具未上传的增值税专用发票。
（三）非正常户纳税人未向税务机关申报或未按规定缴纳税款的增值税专用发票。
（四）增值税发票管理系统稽核比对发现 “比对不符”“缺联”“作废”的增值税专用发票。
（五）经税务总局、省税务局大数据分析发现，纳税人开具的增值税专用发票存在涉嫌虚开、未按规定缴纳消费税等违法违规情形的。
（六）增值税一般纳税人申报抵扣异常凭证，同时符合下列情形的，其对应开具的增值税专用发票列入异常凭证范围：
1.异常凭证进项税额累计占同期全部增值税专用发票进项税额70%（含）以上的。
2.异常凭证进项税额累计超过5万元的。
纳税人尚未申报抵扣、尚未申报出口退税或已作进项税额转出的异常凭证，其涉及的进项税额不计入异常凭证进项税额的计算。
政策依据
《国家税务总局关于异常增值税扣税凭证管理等有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第38号）
《国家税务总局关于走逃（失联）企业开具增值税专用发票认定处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第76号）
